Alkotásait nem értették, őt magát különcnek, sőt bolondnak gondolták. Pályája különösen kezdődött, s különösségeit máig elemzik. Kosztka Mihály Tivadar néven látta meg a napvilágot 1853. július 5-én Kisszebenben (ma Szlovákia), 21 óra 45 perckor. Édesanyja Daróci Heizelmayer Franciska. Édesapja dr. Kosztka László orvos, gyógyszerész, aki népszerű, megbecsült polgár volt, aktívan részt vett a közéletben, tiszteletbeli rendőrkapitányi és postai hivatalt is ellátott. Kissé különc amatőr tudósnak számított. Pirotechnikai kísérleteket folytatott, nem ivott alkoholt, nem dohányzott, szabadidejében vadászott. Utódainak tehát volt mit örökölni, legalábbis a sokoldalú tehetség szintjén. A párnak öt gyermeke született: négy fiú és egy lány.
Születés a Szaturnusz évében
Csontváry életútja a szó általános értelmében nem nevezhető kalandosnak. Szerelmek, házasság, család, váratlan fordulatok mind elkerülték. Bizonyára nem is vonzódott feléjük. Megvolt a saját célja, amelyért minden mást mellőzött. Senkihez nem hasonlítható módon a „napút” festője akart lenni, és saját elhatározásából azzá is vált. Nem mulasztják el megemlíteni sokan, hogy Vincent van Goghgal azonos évben, 1853-ban született. Mintha tudnák, hogy ez a Szaturnusz éve volt, ami asztrológiailag sok hasonlóságra utal a két ember nehéz sorsában. Elemi iskolai tanulmányait Kisszebenben kezdte, szlovák és német nyelven. A magyar nyelv tökéletes elsajátítása érdekében szülei alföldi rokonokhoz küldték. 1863-ban egy tűzvészben leégett szülővárosa nagy része. Míg apja a tűzoltást szervezte, meghalt Bella, a festő nővére. Csontváry nem volt igazán jó tanuló. Inkább kerülte az iskolát, csak nehezen jutott egyről a kettőre. Tanárai mégis szerették, annak ellenére, vagy éppen azért, mert inkább a természetben gyönyörködött. Lepkéket és rovarokat figyelt meg előszeretettel. Barátságot kötött a gimnázium igazgatójával is, aki a természet kedvelője és ismerője volt. A napi séták mindig közös élménynek számítottak. Ezeken az együttléteken született meg a gimnáziumi múzeum létesítésének ötlete, a természetrajzi gyűjtemény kialakítása. Édesapja az 1848–49-es forradalom és szabadságharc idején Kossuthtal szemben a császári oldalra állt. Emiatt Kisszebenben egyre inkább veszített népszerűségéből. 1865-ben jobbnak látta elhagyni a várost, és a család a feleség rokonaihoz, Szerednyére költözött (ma Kárpátalja), ahol az apa földműveléssel és vadászattal foglalkozott. A gyerekek az ungvári királyi főgimnáziumba jártak. Csontváry később Budapesten végezte egyetemi tanulmányait, ahol a gyógyszerészet, kémia, ásványtan, földtan, kristálytan voltak választott témái. Mellesleg a jogi fakultásra is járt. A szegedi nagy árvíz idején önkéntesként közreműködött a mentésben. 1875-ben kapta meg gyógyszerész-oklevelét. Ettől kezdve patikusként dolgozott Léván, Iglón és Eszéken. Munkáját szorgalmasan és lelkiismeretesen végezte. Kissé különcnek tekintették. Életében nem voltak ritkák a csodás sorsfordulók sem. 1880. október 13-án – a dátum különösen egy asztrológus számára lehet fontos – délután leült a patika ajtaja elé pihenni, rajzólommal egy vénycédula hátára lerajzolta a szemközti ökrös szekeret. A rajz láttán „az idős, jólelkű” patikavezető felkiáltott: „hisz maga festőnek született”. Csontváry pedig hangot hallott: „te leszel a világ legnagyobb napútfestője”.
